L-cisteinas daugiausia naudojamas medicinoje, kosmetikoje, biocheminiuose tyrimuose; naudojamas duonos medžiagose, siekiant skatinti glitimo susidarymą ir skatinti fermentaciją, pelėsį ir užkirsti kelią senėjimui. Naudojamas natūraliose sultyse, siekiant išvengti vitamino C oksidacijos ir neleisti sultims ruduoti. Produktas turi detoksikacinį poveikį, gali būti naudojamas apsinuodijimui akrilnitrilu, aromatinei acidozei.